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环保工程科技有限公司与环保工程的公司都是从事环境保护相关业务的机构，但它们之间还是存在一些差异。
环保工程科技有限公司通常更倾向于科技研发和技术创新，它们可能在新技术、新工艺、新设备的研发和应用上投入更多，这类公司通常会涉及到环保技术的研发、试验、示范以及推广等环节，可能会拥有一些专利技术和知识产权。
而环保工程的公司则更侧重于工程项目的实施和管理，它们可能承接各类环保工程项目，如污水处理、废气治理、土壤修复、生态修复等，并负责项目的实施、运行和管理，这类公司通常需要有丰富的工程经验和项目管理能力，以及良好的工程设计和施工能力。
两者都是环保产业的重要组成部分，只是业务侧重点不同，在实际中，也可能有一些公司是兼具科技研发与工程项目实施的综合性机构，选择哪种类型的公司取决于具体的业务需求和项目特点。